Há um conflito entre a Moratória da Soja e duas leis estaduais, de Mato Grosso e Rondônia, que usam restrições fiscais para desestimular as empresas a aderirem ao acordo.

A moratória é um pacto pelo qual empresas se comprometem a não comprar soja produzida em áreas da Amazônia desmatadas depois de julho de 2008, mesmo que o desmatamento tenha ocorrido dentro de limites legais. O senador Izalci Lucas (PL-DF) está entre os críticos da medida.

O Supremo Tribunal Federal validou tanto o acordo quanto as duas leis estaduais.